О секвенаторе GenapSys

Вы удивитесь, насколько точным, масштабируемым и доступным может быть секвенирование ДНК. В основе секвенатора GenapSys лежит новая и надежная технология секвенирования. Запатентованная технология NGS с проверенной химией секвенирования по синтезу использует электронное обнаружение включений отдельных нуклеотидов. Благодаря датчикам на основе CMOS (дополнительный металлооксидный полупроводник), простой флюидике и отсутствию движущихся частей секвенатор GenapSys - компактный, надежный, простой в использовании и недорогой прибор.

Секвенирование выполняется на микрожидкостных чипах, которые имеют масштабируемое количество детекторов, что позволяет применять их в диапазоне от таргетного секвенирования конкретных ампликонов до сбора данных в масштабе целого генома. Система использует первый в мире чисто электрический чип последовательности - ключевой компонент полностью интегрированной коммерческой платформы.

Исключительная точность: более 80% оснований превышают Q30. Подтверждено многочисленными испытаниями в опытных сторонних лабораториях.

Платформа способна генерировать высококачественные последовательности данных и обеспечивает высокое разрешение и аналитическую чувствительность, необходимые для обнаружения редких вариантов и транскриптов.
Обычно GenapSys генерирует данные последовательности, в которых более 80% оснований выше Q30 со средней длиной считывания, превышающей 150 п.н.
Ниже представлен пример высококачественных данных GenapSys из геномной библиотеки, полученных во внешней лаборатории.

Внешние данные

1,6 Гбайт, 11,2 млн операций чтения

Всего оснований

Q-Показатель

Непревзойденная масштабируемость: диапазон выходов, настроенных на ваши потребности в пропускной способности

Наша платформа секвенирования предлагает встроенную возможность легко масштабировать от 1 млн до 16 млн или до 144 млн датчиков, просто используя другой чип последовательности, каждый из которых способен работать на одном и том же приборе.

3 чипа обеспечивают широкий диапазон пропускной способности, подходящей для различных применений, обеспечивая гибкость для клиентов без необходимости чрезмерного дозирования образцов. Например, наша сенсорная микросхема 16M способна генерировать 1,2-2,0 ГБ высококачественных данных последовательности со средней длиной считывания >150 бит/сек.

Удивительная доступность: низкие капитальные затраты, низкие эксплуатационные расходы

Переход от оптического к электронному обнаружению значительно сокращает капитальные затраты. Простота метода обнаружения, который не требует оптики, роботов, сканеров или дорогостоящих аналитических серверов, позволяет получить недорогой и доступный инструмент. Стоимость инструментов делает секвенирование доступным практически для любой лаборатории. Секвенатор GenapSys предоставляет доступное решение для секвенирования следующего поколения в лабораториях всех типов.

Низкая стоимость прогона означает разумную цену за образец. Исследователи могут устанавливать темп своей работы, выполняя прогоны по своему усмотрению, не дожидаясь, пока будут подготовлены дополнительные образцы. Кроме того, исследователи могут контролировать процесс секвенирования от начала и до конца, обеспечивая более высокую степень достоверности в отношении целостности выборки и результатов анализа данных.

Полупроводниковые чипы обеспечивают возможность масштабируемого и доступного секвенирования

1M сенсорный чип

16M сенсорный чип

144M сенсорный чип
(станет доступным в 2020 году)

В основе нашей системы лежат CMOS-чипы - первые чипы, которые обеспечивают исключительно электронное секвенирование. Переход от оптического к электронному секвенированию обеспечивает экономичное масштабируемое решение.
Благодаря возможности выбрать микросхемы с 1, 16 или 144 миллионами датчиков вы в любое время можете увеличить пропускную способность, не меняя базовый инструмент.
Достаточно просто установить нужный чип, чтобы секвенировать что угодно, от онкопанелей до целого генома.

Оптимизированный рабочий процесс в 4 этапа с использованием платформы GenapSys

Шаг 1: Подготовка библиотеки

Шаг 2: Клональное усиление

Шаг 3: Секвенирование

Шаг 4: Анализ данных

1. Подготовка библиотеки

Секвенатор совместим с широким спектром методологий подготовки библиотек. Производительность была продемонстрирована подготовкой библиотек разными наборами.

2. Клональное усиление

Добавление объединенных библиотек и расходных материалов для запуска сопровождается простым процессом настройки. После запуска GenapSys Sequencing Prep System автоматизирует процедуру клональной амплификации в автоматическом 4-часовом цикле. Конечный амплифицированный продукт готов к секвенированию.

4. Анализ данных

Вывод последовательности выполнения представляет собой стандартный файл FASTQ. Это позволяет использовать существующие инструменты вторичного анализа для данных GenapSys. Для достижения наивысшего качества мы рекомендуем клиентам использовать GenHub - запатентованное облачное решение - для проведения вторичного анализа с использованием эмпирически выведенных оптимизированных параметров для данных GenapSys. Это избавляет от необходимости в дорогостоящих дополнительных локализованных серверах. Кроме того, GenHub предоставляет клиентам в режиме реального времени мониторить состояние прогона секвенирования, а также обеспечивает доступ к файлам FASTQ и VCF всех прогонов.

3. Секвенирование

Амплифицированный материал загружается в чип для секвенирования. Удобный системный интерфейс позволяет пользователю выполнить загрузку расходных материалов и процедуру настройки запуска. Система использует запатентованную высокоточную химию SBS для предоставления высококачественных данных.

GenapSys Sequencing Prep System автоматизирует клональную амплификацию всего за несколько минут

GenapSys Sequencing Prep System заменяет этап ручной клональной амплификации в рабочем процессе GenapSys Sequencer на процесс загрузки и запуска, который автоматизирует подготовку и обогащение матрицы. Этот компактный прибор использует реагенты, загруженные в картридж, и задействует технологию магнитных частиц для выделения частиц, которые впоследствии могут быть загружены в чипы секвенирования GenapSys.

Информация для заказа

Продукт

Номер каталога

Описание

GenapSys™ Sequencer

GenapSys™ Sequencing Prep System

G3 Sequencing Kit

G3 Amplification Kit

1001500

1002470

1001977

1001996

Секвенатор и аксессуары. Поставляется со стандартной годичной гарантией, которая включает ремонт прибора, все запчасти и работы.

Система для автоматической клональной амплификации и обогащения для секвенатора GenapSys.

Набор реагентов и расходных материалов для одного цикла секвенирования. Включает в себя один готовый к использованию картридж для секвенирования и один чип секвенирования G3.

Набор реагентов и расходных материалов для однократной автоматизированной амплификации в системе подготовки к секвенированию.

Новая технология электронного обнаружения

GenapSys ™ разработал новую электронную платформу, способную точно определять включения одного основания. На поверхности чипа CMOS расположены миллионы датчиков, каждый из которых предназначен для захвата одной амплифицированной частицы. Каждый датчик состоит из двух близко расположенных электродов. Эти электроды контактируют с частицей, захваченной датчиком.

Поскольку включение нуклеотидов в растущую нить ДНК увеличивает количество заряженных молекул вокруг частицы, оно меняет сопротивление, измеряемое датчиком. Величина изменения сопротивления коррелирует с общим изменением заряда молекул ДНК и окружающих их слоев вокруг частицы, которое в свою очередь коррелирует с количеством включенных нуклеотидов.

График ниже содержит репрезентативный пример полученных данных, показывающих распределение измеренного дифференциального сигнала по нескольким потокам нуклеотидов для одной последовательности матрицы. Потоки, которые, как ожидается, будут включать нуклеотиды, выделены красным. Не включающие нуклеотиды потоки показаны синим цветом и существенно не отклоняются от базовой линии.

Датчик

Сопротивление

Дифференциальный сигнал

Стабильный электрический сигнал увеличивает отношение сигнал/шум для большей точности преобразования нуклеотидного сигнала

В то время как почти все другие технологии NGS (секвенирование нового поколения) основаны на измерениях переходных процессов, наша методика обнаружения основана на измерениях в устойчивом состоянии. Благодаря стабильному состоянию сигнал остается постоянным, и мы можем провести несколько измерений, чтобы увеличить нашу точность и отношение сигнал/шум (SNR), что значительно повышает точность преобразования нуклеотидного сигнала. Кроме того, конструкция микросхемы обеспечивает очень низкий уровень перекрестных помех между датчиками, что обеспечивает высокую плотность распределения датчиков.

Необработанный сигнал

Потоки

Добавленные нуклеотиды

Свяжитесь с нами

Получите последние новости или запросите расценки